Lembaga Layanan Pendidikan Tinggi (LLDIKTI) Wilayah VII dipimpin oleh seorang Kepala yang merupakan pejabat pimpinan tinggi pratama atau jabatan struktural eselon II.b. Dalam melaksanakan tugas dan fungsi, Kepala LLDIKTI Wilayah VII bertanggungjawab kepada Menteri, dengan pembinaan administratif dibawah Sekretaris Jenderal dan pembinaan teknis dibawah Direktur Jenderal yang terkait dengan tugas-tugas LLDIKTI Wilayah VII.
Kepala LLDIKTI Wilayah VII saat ini dijabat oleh Prof. Dr. Dyah Sawitri, S.E., M.M. Beliau dilantik sebagai Kepala LLDIKTI Wilayah VII pada tanggal 30 Juni 2022. Kepala LLDIKTI Wilayah VII bertanggung jawab dalam pengelolaan dan pengembangan lembaga pendidikan di wilayahnya, dengan komitmen untuk meningkatkan kualitas pendidikan serta mendukung pengembangan institusi pendidikan di Indonesia, khususnya untuk meningkatkan mutu pendidikan tinggi di Jawa Timur.
Dalam menjalankan tugasnya, Kepala LLDIKTI Wilayah VII dibantu oleh seorang Kepala Bagian Umum yang merupakan pejabat administrator (dahulu eselon III). Guna memperkuat pelayanan dan proses bisnis, LLDIKTI Wilayah VII juga membentuk Tim Kerja untuk menangani tugas-tugas yang berkaitan dengan pelayanan eksternal, Satuan Urusan untuk menangani tugas-tugas yang berkaitan dengan urusan internal dan pendukung layanan, serta unit-unit khusus seperti Tim RB/ZI, Tim SPI, Tim Pengelola KIPK, Tim Penilai Angka Kredit, dan Tim PPID.